Proteome Profiling mittels Orbitrap Massenspektrometrie

Ziele: Umfassende Identifikation von Proteinen und Proteinmodifikationen mit hoher Verlässlichkeit und Bestimmung von relativen Proteinmengen in reproduzierbarer Weise mittels Label-freier Analysenmethode.  

Vorgangsweise: Zell- und Gewebsfraktionierung, proteolytischer Verdau mit diversen Enzymen, Proteinauftrennung mittels 2D-PAGE, chromatographische Trennung der Peptide mittels Nano-LC, Peptidsequenz-Iidentifikation mittels hochauflösender Massenspektrometrie (QEXACTIVE Orbitrap) einschließlich MS/MS Fragmentierung.  

Ergebnisse: Identifikation von typischerweise >100 000 unterschiedlichen Peptiden (FDR<0.01) bzw. >8000 unterschiedlichen Proteinen pro Experiment (FDR<0.01), wenn verschiedene Fraktionen und Aktivitätszustände eines Zelltyps berücksichtigt werden.